قرأ ابن عامر فيكون نصباً. الباقون بالرفع.
(التبيان في تفسير القرآن، ج‏۱، ص۴۲۸)

حجّت
ورفع قوله: فيكون يحتمل أمرين: احدهما ان يكون عطفا على يقول. والآخر على الاستئناف أي فهو يكون. ونصبه على جواب الامر، فلا يجوز، لانه انما يجب الجواب بوجود الشرط.
(التبيان في تفسير القرآن، ج‏۱، ص۴۳۳)

قرأ ابن عامر فيكونَ بالنصب والباقون بالرفع.
(مجمع البيان في تفسير القرآن، ج۱، ص۳۶۶)

حجّت
قال أبو علي يمتنع النصب في قوله‏ فَيَكُونُ لأن قوله‏ كُنْ‏ وإن كان على لفظ الأمر فليس بأمر ولكن المراد به الخبر لأن المنفي الذي ليس بكائن لا يؤمر ولا يخاطب فالتقدير نكون فيكون فاللفظ لفظ الأمر والمراد الخبر كقولهم في التعجب أكرم بزيد فإذا لم يكن قوله‏ كُنْ‏ أمرا في المعنى وإن كان على لفظه لم يجز أن ينصب الفعل بعد الفاء بأنه جواب كما لم يجز النصب في الفعل الذي يدخله الفاء بعد الإيجاب نحو آتيك فأحدثك إلا أن يكون في شعر نحو قوله:                     لنا هضبة لا ينزل الذل وسطها/ ويأوي إليها المستجير فيعصما
ويدل أيضا على امتناع النصب فيه أن الجواب بالفاء مضارع الجزاء فلا يجوز اذهب فيذهب على قياس قراءة ابن عامر كن فيكون لأن المعنى يصير إن ذهبت ذهبت وهذا الكلام لا يفيد وإنما يفيد إذا اختلف الفاعلان والفعلان نحو قم فأعطيك لأن المعنى إن قمت أعطيتك وإذا كان الأمر على هذا لم يكن ما روي عنه من نصبه فيكون متجها ويمكن أن يقال فيه أن اللفظ لما كان على لفظ الأمر حمله على اللفظ كما حمل أبو الحسن في نحو قوله‏ قُلْ لِعِبادِيَ الَّذِينَ آمَنُوا يُقِيمُوا الصَّلاةَ على أنه أجري مجرى جواب الأمر وإن لم يكن جوابا له على الحقيقة فالوجه في يكون الرفع على أن يكون معطوفا على كن لأن المراد به نكون فيكون أو يكون خبر مبتدإ محذوف كأنه قال فهو يكون.
(مجمع البيان في تفسير القرآن، ج۱، ص۳۶۶)

قرأ الجمهور: فيكون بالرفع، ووجه على أنه على الاستئناف، أي فهو يكون، وعزى إلى سيبويه. وقرأ ابن عامر: فيكون بالنصب.
(البحر المحيط في التفسيرج۱، ص۵۸۵)‏

حجّت
ووجه النصب أنه جواب على لفظ كن، لأنه جاء بلفظ الأمر، فشبه بالأمر الحقيقي‏ وحكى ابن عطية، عن أحمد بن موسى، في قراءة ابن عامر: أنها لحن، وهذا قول خطأ، لأن هذه القراءة في السبعة، فهي قراءة متواترة، ثم هي بعد قراءة ابن عامر، وهو رجل عربي، لم يكن ليلحن. وقراءة الكسائي في بعض المواضع، وهو إمام الكوفيين في علم العربية، فالقول بأنها لحن، من أقبح الخطأ المؤثم الذي يجر قائله إلى الكفر، إذ هو طعن على ما علم نقله بالتواتر من كتاب اللّه تعالى.
(البحر المحيط في التفسيرج۱، ص۵۸۵)‏

ابْن عَامر فَيكون هُنَا وَفِي ال عمران (۴۷)  فَيكون ونعلمه وَفِي النَّحْل (۴۰) وَمَرْيَم (۳۵) وَيس (۸۲) وغافر (۶۸) فِي السِّتَّة بِنصب النُّون وَتَابعه الْكسَائي فِي النَّحْل وَيس فَقَط وَالْبَاقُونَ بِالرَّفْع.
(التیسیر فی القرائات السبع، ص۶۵)

وَاخْتلفُوا فِي قَوْله كن فَيكون (١١٧) فِي نصب النُّون وَضمّهَا فَقَرَأَ ابْن عَامر وَحده كن فَيكون بِنصب النُّون. قَالَ أَبُو بكر وَهُوَ غلط وَقَرَأَ الْبَاقُونَ فَيكون رفعا. -- السبعة فی القرائات، ص۱۶۹--