قرأ الكسائي وابن عباس «فيكون» نصباً. الباقون رفعا.
(التبيان في تفسير القرآن، ج‏6، ص382)

حجّت
فمن نصب جعله عطفا على أَنْ نَقُولَ لَهُ كُنْ فَيَكُونُ ولا يجوز ان يكون نصبا على جواب الأمر لأن ما ينتصب لأجل جواب الأمر هو ما يكون فعلان، ويجب الثاني من اجل الاول، كقولك ائتني فأكرمك فالاكرام يجب من اجل الإتيان، وليس كذلك في الآية، لأنه انما هو فعل واحد أمر، واخبر انه يكون، ولذلك اجمع القراء على رفع الذي في آل عمران في قوله إِنَّ مَثَلَ عِيسى‏ عِنْدَ اللَّهِ كَمَثَلِ آدَمَ خَلَقَهُ مِنْ تُرابٍ ثُمَّ قالَ لَهُ كُنْ فَيَكُونُ وقد أجار الزجاج النصب على ان يكون جواباً، وهو غلط. من رفع أراد أن يقول له كن، فانه يكون.
(التبيان في تفسير القرآن، ج‏6، ص382)

وقرئ: فيكون، عطفاً على نَقُول.
(الكشاف عن حقائق غوامض التنزيل، ج‏2، ص606)

قرأ ابن عامر والكسائي فيكون بالنصب وفي يس مثله والباقون بالرفع.
(مجمع البيان في تفسير القرآن، ج‏6، ص555)

حجّت
من نصب فإنه يحمله على أن قال الزجاج الرفع على فهو يكون على معنى أن ما أراد الله فهو يكون فالنصب على ضربين (أحدهما) أن يكون عطفا على أن تقول (والآخر) أن يكون نصبا على جواب كن قال أبو علي اعلم أن الذي أجازه من النصب على أن يكون جواب كن لم يجزه أحد من أصحابنا غيره لأن كن وإن كان على لفظ الأمر فليس القصد به هنا الأمر إنما هو والله أعلم الإخبار عن كون الشي‏ء وحدوثه.
(مجمع البيان في تفسير القرآن، ج‏6، ص555)